Cerita ini dimulai ketika Dharma, Riris, Lutfie, Dika, Uzzie, dan Ullie, hendak berlibur ke vila milik kakek Dharma. Tapi, kakek Dharma ini, sudah meninggal, dan vila dijaga oleh seorang kakek yang dipanggil Pak Zul. Kakek ini menceritakan sejarah vila belanda ini. Katanya, dulu, vila ini dihuni oleh Johann, seorang bangsawan Belanda, dengan istrinya, Johanna, lalu ketiga anaknya, Isabelle, Annette, dan Peter. Enam sekawan ini pergi ke tempat wisata yang ada di sekitar vila, semuanya ikut, kecuali Lutfie, yang memilih tinggal karena dia ingin menjelajahi perpustakan vila itu. Saat Lutfie sedang melihat-lihat buku di rak, dia tak sengaja menjatuhkan sebuah buku, dan buku yang dia jatuhkan terlepas dari sampulnya. Anehnya, judul buku dan sampulnya sama sekali berbeda. Setelah dia teliti dengan seksama, ternyata buku ini adalah buku diary Johanna, istri Johann,

Lutfie kembali ke kamarnya untuk membaca diary itu, dia membuka halaman tengah dan menemukan sesuatu yang mengejutkan. Disitu tertulis, bahwa Johanna ketakutan, karena ia dituduh membunuh Annette, padahal dia sangat menyayangi putrinya itu. Dan disitu juga tertulis, Johann merencanakan sesuatu untuk Johanna. Lutfie yang ketakutan saat membaca halaman itu, lebih merasa takut lagi saat dia membuka halaman terakhir dan menemukan tulisan: "Good bye"

Saat kawan-kawannya yang lain datang, dan mereka makan siang bersama, Lutfie membawa diary Johanna dan memperlihatkannya pada teman-temannya. Mereka mulai membacanya satu demi satu, dan perlahan mereka mengetahui masalahnya: Saat Annette berulang tahun, Johanna membuatkan kue, tapi, setelah Annette memakan kue itu, dia jatuh sakit dan meninggal. Johanna yang tidak bersalah dituduh meracuni kuenya, dengan bukti pewarna yang dia pakai bukanlah pewarna. Tapi Johanna berani bersumpah dia tidak tahu botol pewarna itu isinya bukan pewarna, tapi tidak ada yang mempercayainya, semua orang menjauhinya, bahkan Peter takut pada ibunya sendiri. Tapi, ada satu warga pribumi yang tidak percaya Johanna membunuh, dia adalah Inah, wanita yang ikut membuat kue dengan Johanna. Dan satu fakta yang tidak bisa diingkari, Inah bilang, botol pewarna yang ada di dapur, bukanlah botol yang dia beli di pasar.

Petualangan enam sekawan ini dimulai, mereka menyelidiki perpustakaan, menemukan buku diary kakek Dharma, menemukan petunjuk lain, membuka ruangan-ruangan rahasia, sampai akhirnya, usaha mereka dihentikan oleh seseorang dengan cara mengurung mereka semua di ruangan rahasia di bawah ruang tamu bersama dengan kerangka Johanna! Tapi karena otak mereka semua yang cerdas-cerdas, mereka menemukan jalan keluar sempit yang menuju rumah kaca di samping vila. Tapi, seseorang yang mengurung mereka sudah ada disana! Dan orang itu Pak Zul! Ternyata, Pak Zul ingin balas dendam, karena kakaknya yang bernama Jaka, yang bekerja untuk Johann sebagai tukang kebun, dibunuh oleh Johann. Itu dikarenakan, Jaka dan Annette saling jatuh cinta, bahkan Jaka sampai menanam semak mawar untuk Annette yang menyukai bunga mawar.

Tapi karena Annette adalah anak bangsawan Belanda, dan Jaka adalah seorang pribumi biasa, Johann membunuh Jaka dan ayahnya untuk nama baiknya, dia juga yang meracuni Annette karena takut sejarah bangsawan belanda dan pribumi yang saling jatuh cinta di keluarganya menyebar. Dia juga mengurung Johanna di ruang rahasia di bawah ruang tamu sampai wanita itu meninggal. Pak Zul sangat marah, selama bertahun-tahun dia berusaha menemukan makan kakaknya, Lutfie mengatakan makam Jaka mungkin ada di rumah kaca, karena disitulah dia dibunuh, Dan tanpa tahu terimakasih atas petunjuk yang telah diberikan, Pak Zul mengikat enam sekawan di ruang tamu, lalu pergi keluar untuk membakar vila itu, dan selama enam sekawan berusaha membebaskan diri, Pak Zul menggali di dalam rumah kaca untuk menemukan jasad kakaknya, tapi semakin dalam ia menggali, semakin menggila otaknya.

Enam sekawan akhirnya berhasil membebaskan diri, berkat pisau lipat yang ada di saku Dharma, mereka keluar lewat jendela dan menelpon polisi dan pemadam kebakaran. Setelah beberapa saat, Pak Zul ditahan polisi, dan api dipadamkan oleh pemadam kebakaran. Enam sekawan merasa kasihan pada Pak Zul, yang hatinya telah dibutakan oleh amarah, mereka juga marah pada Johann yang begitu kejam sampai-sampai membunuh anggota keluarga sendiri dan orang lain. Johann yang tenggelam dalam perjalanannya kembali ke Belanda sama sekali tidak diingat. Tapi enam sekawan menemukan ruang rahasia lain yang mengingatkan mereka kembali pada keluarga itu.

Disana pula, mereka menemukan surat terakhir Johann, dan setelah membacanya, mereka bersimpati pada bangsawan Belanda yang sudah tidak ada itu. Isi surat itu mengatakan, bahwa Johann sangat, sangat, sangat menyesal telah membunuh Jaka, Annette, dan Johanna. Dia bilang dia melakukan semua itu untuk menjaga nama baik keluarganya, tapi sekarang dia merindukan Annette, merindukan Johanna, istri yang sangat disayanginya. Dia juga merasa sangat bersalah saat melihat betapa sedihnya ibu Jaka, dan Zul yang waktu itu masih kecil. Johann pulang ke Belanda membawa rasa bersalahnya, tapi dia tidak pernah sampai ke negeri asalnya.

Petualangan enam sekawan berakhir sampai disana, mereka mengakhiri liburan mereka, dan dalam hati mereka tidak mau melakukan hal-hal semacam itu lagi.